Nato a Sainte-Foy-la-Grande in Gironda nel 1931, Jacques Merlet ha studiato organo e pianoforte al Conservatorio di Parigi, dove è stato anche allievo di Olivier Messiaen. Dopo il diploma, decise di intraprendere la carriera di redattore radiofonico. Ha lavorato prima per la stazione radio France Culture e poi per France Musique.

Merlet è stato considerato un instancabile promotore della scena della musica antica e ha fatto in modo che personalità come Jean-Claude Malgoire, William Christie, Jordi Savall e Philippe Herreweghe ricevessero una piattaforma radiofonica in Francia durante il loro periodo pionieristico. Nel 2003 è stato insignito dell'Ordre des Arts et des Lettres dallo Stato francese.

Merlet ha subito il primo ictus nel 2000 e ora ha ceduto alle conseguenze della polmonite.